بازسازی، تجزیه و تحلیل توپولوژیکی شبکه متابولیکی بافت شکمبه گاو

Authors

جمال فیاضی دانشیار دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان ،گروه علوم دامی

حکیمه زالی استادیارگروه مهندسی بافت و علوم سلولی کاربردی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی

مریم قلی زاده دانشجوی دکتری اصلاح نژاد، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان

یزدان عسگری استادیار دانشکده فناوری‌های نوین پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران

Abstract:

شکمبه نقش محوری در بازده تولید در نشخوارکنندگان دارد. درک فرآیند متابولیسم بافت شکمبه می‌تواند منجر به بهبود بازده تولید و در نتیجه سود اقتصادی در نشخوارکنندگان شود. در پژوهش حاضر، شبکه متابولیکی بافت شکمبه گاو با استفاده از اطلاعات ژنومی و اطلاعات موجود در پایگاه‌های داده مختلف، بازسازی شد. نتایج حاصل از بازسازی شبکه شامل 410 آنزیم، 1429 متابولیت به عنوان گره و 1777 واکنش به عنوان یال بود. ویژگی‌های این شبکه‌ی متابولیت محور توسط چند پلاگین نرم‌افزار سایتواسکیپ تجزیه و تحلیل شد. 15هاب متابولیت تعیین شد. نتایج جستجو در سایت KEGG pathway نشان داد که بیشتر هاب متابولیت‌ها شامل: کوآنزیم-آ، استیل کوآنزیم-آ، د- فرکتوز 6 فسفات، ابی کینون، سوکسینات، الکترون ترننسفراز فلافوپروتئین، پیروات، تتراهیدروفولات و 2 اگزالارات در واکنش‌های مربوط به چرخه متابولیک دخیل هستند. همچنین ژن‌های GPAT3، GPAT4، GPAM (2.3.1.15)، ETFDH (2.3.1.41)، CPT1C، CPT1B، CPT1A، CPT2 (2.3.1.21)i در متابولیسم اسیدهای چرب شرکت می‌کنند که این ژن‌ها ممکن است برای بهبود بازده تولید محصولات گاوی ضروری باشند. توزیع درجه گره شبکه از توزیع درجه نمایی پیروی می‌کند بنابراین ویژگی مقیاس آزاد را نشان می‌دهد. میانگین طول مشخصه مسیر 142/13 و قطر شبکه 38 بود که نشان می‌دهد شبکه ویژگی جهان کوچک را نیز دارد. پژوهش حاضر اولین مطالعه با هدف بازسازی شبکه متابولیکی بافت شکمبه است که ممکن است اطلاعات در جهت درک بیشتر پتانسیل متابولیکی شکمبه را بهبود دهد. هاب متابولیت‌ها در شبکه‌های مقیاس آزاد نقش معنی‌داری در حفظ ثبات توپولوژیک ایفا می‌کنند به همین دلیل بنظر می‌رسد برای تحقیقات اصلاح نژاد دام مفید باشند.

Upgrade to premium to download articles

Already have an account?login

similar resources

بازسازی و آنالیز شبکه متابولیکی مبتنی بر ژنوم باکتری استرپتوکوکوس بویس B315 دخیل در تولید اسید لاکتیک در محیط شکمبه

استرپتوکوکوس بویس یکی از باکتری های مصرف کننده نشاسته و تولیدکننده اسید لاکتیک در شکمبه است. با توجه به نقش استرپتوکوکوس بویس در تولید اسید لاکتیک، اطلاعات زیستی وسیعی از این گونه منتشر شده است. اما تا به حال، خصوصیات و توانمندی های متابولیکی این باکتری در سطح یک سیستم تجزیه و تحلیل نشده است. در پژوهش حاضر، مدل متابولیکی مبتنی بر ژنوم باکتری استرپتوکوکوس بویس (iStr472) برای اولین بار بر اساس اط...

full text

بازسازی و آنالیز توپولوژی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیرگاو

مدل‌سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان‌پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه دادههای NCBI ، Uniprot ، KEGG و Brenda...

full text

بازسازی و آنالیز توپولوژی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیرگاو

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه دادههای ncbi ، uniprot ، kegg و brenda...

full text

اثر عمل آوری میکروویو بر تجزیه پذیری پروتئین کنجاله منداب در شکمبه گاو

full text

آنالیز شبکه های متابولیکی دخیل در تولید شیر در گاو

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی بافت غده پستانی گاو، می تواند منجر به دیدگاه سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، اطلاعات مورد نیاز، از پایگاه های داده ncbi ، uniprot، kegg و brenda جمع آوری و مورد استفاده قرار گرفتند. . نتایج آنالیزهای انجام شده در این تحقیق می تواند برا...

بیوتکنیک فیستول گذاری شکمبه در گاو هلشتاین

هدف پژوهش، دسترسی مستقیم به اکوسیستم شکمبه گاو هلشتاین میباشد. آزمایش با دو راس گاو هلشتاین ماده (دو ساله با وزن تقریبی20±670 کیلوگرم) در مزرعه دانشکده کشاورزی دانشگاه ایلام، شروع و سپس فیستول پلاستیکی اصلاح شده، از جنس پلی اتیلن و دارای بدنه، پولک داخلی، پولک خارجی، مهره و درپوش ساخته شدند. قطر داخلی بدنه و پولک داخلی فیستول بترتیب 10 و20 سانتیمتر و متناسب با شکمبه گاوهای هلشتاین، تعیین شدند. ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}

Journal title

دامپزشکی

volume 32 issue 4

pages 106- 117

publication date 2019-12-22

unfollow

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

بافت شکمبه گاو شبکه متابولیکی تجزیه و تحلیل توپولوژیکی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com